1993 blev Apelrydsskolan, som en av de första i landet, en modern gymnasieskola med specialutformade program. På utbildningsdepartementets lista över friskolor fanns vid starten Grännaskolan, Sigtuna humanistiska läroverk, Lundsberg, Franska skolan, Vackstanäs, Apelrydsskolan och några få till.

Internatet, som alltid varit en viktig del av Apelryd, levde vidare in i gymnasieskolan och blomstrade. I slutet av 90-talet hade skolan strax under 100 elever, i början av 2000-talet hade den siffran fördubblats. Apelryd blev nu en skola för både flickor och pojkar.

Förutom de program som erbjuds idag har skolan också haft programmen Global Management och MKE (ett marinbiologiskt program). Mellan 2007 och 2009 återuppstod också trädgårdsmästarutbildningen som nu flyttats över på Båstads kommun.